時代は大正。眞一郎と義妹である琴美は、亡くなった母親が遺したカフェを経営。優秀な科學者であった父親は、「あんどろいど」と呼ばれるカラクリ人形の研究に沒頭！周囲の人から奇異の目を向けられていたが後に失蹤。ある日、突如轟音と共に店の天井をブチ抜いて、「あんどろいど」の少女が降ってきた！平穏な日常が一転！「あんどろいどアリサ」が巻き起こす、ハチャメチャ大正浪漫の幕が上がるッ！！